Em Os Mutantes, a guerra final entre humanos contra reptilianos e mutantes continua. A a chefia oculta ordena que uma bomba seja colocada na aeronave de Marcelo (Leonardo Vieira). Dra Júlia (Ítala Nandi), então, programa o artefato e seus soldados cumprem a missão de colocá-lo no helicóptero. No entanto, a bomba é descoberta e desativada.
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Dra. Júlia descobre que a bomba foi desativada e informa a chefia oculta, que desta vez ordena que uma nave espacial seja enviada para perseguir o helicóptero e destruí-lo com todos dentro. A nave espacial sai ao encontro do helicóptero e uma grande perseguição nos céus de Guarujá tem início.
Os reptilianos conseguem atingir a nave de raspão, mas ela não explode e durante a queda, Marcelo, Beto (Felipe Folgosi), Antônio (Paulo Nigro), Aline (Milena Ferrari) e Hiromi (Paula Palmieri) conseguem pular de paraquedas e caem na areia da praia, já o piloto não tem a mesma sorte e acaba morrendo no mar.
Salvos na ilha dos mutantes, eles seguem o caminho em direção ao laboratório da Dra Júlia, a fim de resgatar Maria e outros presos, mas se deparam com mais soldados reptilianos. A partir de então, a praia vira um verdadeiro campo de batalhas. Superequipados com armas poderosas, o grupo de Marcelo consegue combater os reptilianos.
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